Primer Premier 6

Primer Premier 6是一款用于医学用药的PCR或测序引物以及杂交探针的设计软件，给相关工作人员提供了高级引物索引、引物数据库、巢式引物设计、引物编辑和分析等功能，可以帮助用户设计出有高效扩展能力的理想引物，也可以设计出可用户阔增长达50KB以上的PRC产物的引物序列，并将其分为了GeneTank（序列编辑）、Primer（引物设计）、Aling（序列比较）、Enzyme（酶切分析）和Mitif（基序分析）五大工序。值得一提的是，它还可以针对模板DNA的来源以相应的遗传密码规则转换DNA和氨基酸序列，广泛的八种生物亚结构的不同遗传密码规则允许用户自由使用，同时可进行部分指标的分析，获得了引物设计行业人士的一致好评。

软件功能

1、种间交叉引物设计
利用来自多个物种的序列设计扩增引物
2、病理检测引物设计
可以用在高保区域设计引物
3、等位基因特效引物
设计专用于扩增某一类相关序列中特定成员的引物
4、软件的主要功能分四种
即引物设计、限制性内切酶位点分析、dna 基元(motif)查找和同源性分析功能。前三种为其主要功能。此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计简并引物，另外还有序列朗读、dna 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
5、还可以针对模板dna 的来源以相应的遗传密码规则转换dna 和氨基酸序列。
软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择，有纤毛虫大核（ciliate macronuclear）、无脊椎动物线粒体（invertebrate mitochondrion）、支原体（mycoplasma）、植物线粒体（plant mitochondrion）、原生动物线粒体（protozoan mitochondrion）、一般标准
（standard）、脊椎动物线粒体（vertebrate mito-chondrion）和酵母线粒体（yeast mitochondrion）。

软件特色

1、给专业人员带来的极大的便利，另外小编为大家带来的这款最新版本功能更加强大，立足点也是按照引物设计的基本原则，只是更加快速和自动化而已
2、是款用软件设计引物软件，该软件分为四大块，尤其常用的是引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif)查找
3、我们可以直接提交模板序列到特定网页，如著名的primer3，得到设计好的引物，也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件
4、主要界面是分为GeneTank（序列编辑）、Primer（引物设计）、Aling（序列比较）、Enzyme（酶切分析）和Mitif（基序分析）。
5、该软件就是用来进行引物设计的
6、可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物
7、在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等，也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来
8、使用Primer Premier，操作非常简单

Primer Premier怎么用

1、新建
打开Primer，依次点击“file”——“new”——“DNASequence”，新建操作界面。
2、输入模板基因
复制基因模板后，使用键盘快捷键“Ctrl+V”将下载的引物模板粘贴到空白框内，然后选择“Asis”，点击“OK”。
3、SearchPrimer
找到界面左上角“Function”——“Primer”，在新跳出的界面上点击“Search”，需要设置相应的条件，才能开始搜索。
4、条件设置
点击“Search”后，又跳出一个界面，我们从上到下依次设置：“SearchFor”选择“PCRPrimers”；“SearchType”选择“Pairs”；“SearchRanges”要根据不同的情况而定，一般来说选择基因全长，如“1”——“1683”；“PCRProductSize”一般鉴定选择300-500，测序选择1200-1600，不能超过基因全长；“PrimerLength”一般为20+(-)2。
5、点击两次“OK”
条件设置完毕后，点击“OK”，跳出新的界面后再点击“OK”，最后跳出软件为你选择的按照合成率从高到底的全部引物序列。
6、引物选择
将引物表与左侧表格结合起来进行引物的选择。从小编设计的引物表中看到，最高合成率为88，其对应的左侧表中均出现“Dimer”和“CrossDimer”，说明此引物不甚理想。最佳的情况为“Hairpin”、“Dimer”、“FalsePriming”和“CrossDimer”都不出现，也就是100合成率。
7、重新设置条件
如何引物不甚理想，那么就需要重新设置引物的各个条件，尤其是“SearchRanges”的选择，需要我们再次点击“Search”，跳出条件设置界面后重新设置。
8、选择理想引物
经过多次的不断更改和设置后，最终选出较为理想的一对引物，合成率最好在98以上，四种状况均不出现为好。