Geneious Prime(生物信息学数据分析软件)

Geneious Prime是一款非常专业的世界领先分子生物学和序列分析工具套件，其具有梯形拟合和峰值调用功能，能自动生成基因型微卫星位点和等位基因列表。如果您需要在序列视图中显示带注释的基因组和特性汇编渲染图，那么现在可以直接自定义和可视化这些良好的效果，自由地选择算法，轻松地查看提供的变异调用!对于分子生物学。同时该软件还可以模拟各个步骤的分子克隆操作，特别是基于内置的引物设计工具、检测PCR工具、引物测序工具等，您可以根据自己的搜索习惯自由创建引物数据库!可谓是真正全新跨时代的分子生物学和序列分析工具套件。喜欢这款软件的用户快来本站下载吧！

软件特色

1、NGS预处理

导入Illumina，PacBio和NanoPore读取

修剪，过滤和解复用单端和成对端数据

合并配对的读

重复数据删除

错误纠正和规范化

滤除嵌合体

学到更多

2、制图和重新组装

只需在业界领先的制图算法和从头组装算法之间切换

支持汇编Sanger和NGS数据，包括任何长度的Illumina，PacBio和Oxford纳米孔读取，包括双端读取和混合装配

组装微生物基因组，质粒和其他环状序列时产生环状重叠群

基因组比较和MAUVE基因组比对结束

映射程序包括BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat

从头组装算法，包括SPAdes，Flye，MIRA，Tadpole和Velvet

3、变体调用和表达分析

使用FreeBayes调用SNP /变体

使用同步的基因组视图对表格结果进行实时过滤

在映射的RNA-seq数据上计算和比较表达水平

使用PCA和火山图进行可视化

4、序列分析

修剪，组装和查看Sanger测序跟踪文件

更正基础调用并创建共识序列

注释主题，ORF和重复

预测基因和结构元素

通过针对数据库的相似性搜索进行实时注释

快速翻译选择内容，或显示注释或所选框架的翻译

动态图和统计信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔点，AA组成等

5、序列比对

DNA或蛋白质的多重和成对序列比对，包括全基因组比对

与包括Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在内的可信算法保持一致

使用实时翻译和突出显示查看和编辑路线

6、系统发育学

使用Geneious Prime树构建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等构建树

可视化，编辑和标记您的树

交互式距离矩阵查看器

出版物质量出口

7、微卫星分析

导入原始ABI跟踪文件

修剪，预测和手动调整峰

Bin进入等位基因

产生等位基因调用的表格输出

8、分子克隆

查看质粒图谱，自动注释载体以及带有注释的复制粘贴序列

一步式GoldenGate（IIS类型）和限制克隆

基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion

TOPO克隆

克隆操作的父母/后代血统追踪

密码子优化和反向翻译

沉默突变分析以发现潜在的限制性酶切位点

模拟PCR，消化和连接

CRISPR站点查找器

9、底漆设计

自动设计针对任何目标区域或整个序列的PCR和测序引物以及杂交探针

在序列视图中轻松添加引物

设计基本和简并PCR引物

在设计过程之前，之中或之后添加和删除引物序列的延伸

引物特异性测试，以检查模板序列上是否有其他结合位点

筛选物理性质，发夹和引物二聚体

以FASTA，电子表格或GenBank格式拖放引物

10、数据管理与协作

拖放导入文件和文件夹，包括 Vector NTI数据库

将电子表格中的元数据导入序列和其他文档

智能NGS导入–一步导入任何种类的SAM，BAM，GFF，BED和VCF文件

直观的基于文件夹的项目组织

无缝集成共享数据库

快速搜索数据库中的所有序列和元数据

广泛的出口选择

11、搜索和爆炸

直接访问NCBI公共BLAST数据库

私人本地数据库的自定义BLAST

集成搜索外部数据库，包括GenBank和UniProt

将序列直接上传到GenBank

在PubMed中搜索文献

针对本地或共享数据库的高级搜索

12、工作流程

使用可视化编辑器创建用于自动化批量分析的工作流

超过20种内置工作流，用于执行管道，包括将变体应用于参考序列，图谱读取然后查找SNP和随机采样序列

通过编写自定义代码工作流的选项扩展功能

13、API和开发人员

使用插件开发套件添加特殊功能或与其他系统集成

添加您喜欢的算法，数据库或可视化

软件功能

1、分析CRISPR编辑结果

轻松对齐，聚类和可视化CRISPR编辑实验中的NGS读数。通过您选择的应用程序（包括HDR，NHEJ和基础编辑器）分析变体的频率及其蛋白效应。

2、增强型搜索选项

通过一个统一的界面快速访问您的文档，文件夹，分析工具和最近查看的项目。

3、密码子优化和反向翻译改进

将鼠标悬停在优化密码子上，以获取有关同义密码子及其频率的更多信息。

为模型生物定制密码子优化参数。

全新的密码子优化算法使您可以通过从蛋白质或核苷酸序列开始生成新序列，来匹配所选生物体的密码子用法。

4、分析CRISPR编辑结果的新工具

从CRISPR编辑实验的结果中比对NGS测序并使其聚类

支持各种应用程序，包括HDR，NHEJ和基本编辑器

可视化与未突变参考序列相比的变体

分析变体的频率及其蛋白效应

5、增强的搜索界面

使用文本查询从单个统一界面实时搜索文件夹和文档

搜索软件中可用的分析工具（操作）的新功能

轻松访问其他高级搜索选项

快速访问最近查看的文件夹和文档

6、密码子优化改进

有关优化密码子注释的信息工具提示可在所选密码子使用表中提供有关同义密码子及其频率的信息

现在，在通过选择注释优化选择的区域时，将考虑包括方向性和CDS codon_start信息在内的注释属性

当以多个间隔优化选定注释时，跨间隔优化选择，并且允许密码子跨越相邻间隔

当优化反向选择区域时，反向互补序列现在已优化

Geneious Prime通用安装示例

1、首先从本站下载数据包然后解压，鼠标双击运行应用程序进入安装向导点击“next”进入下一步

2、选择第一项“I accept the terms of the license agreement”(我接受许可协议的条款)，再点击“next”进入下一步

3、选择安装位置，默认路径为“C:\Program Files\Geneious Prime\”，建议最好不要安装到系统盘（C盘）

4、勾选“create a dessktop icon”(创建一个桌面图标)

5、软件安装需要一些时间请耐心等待即可

6、当安装完成后点击“finish”即可退出安装向导

Geneious Prime使用帮助

一、RNA/DNA二级结构折叠查看器

1、默认情况下，当选择寡序列中仅示出这个浏览器。如果要在非寡核苷酸序列上使用RNA折叠，请转到工具→首选项→外观和行为，然后启用显示所有序列上的显示DNA/RNA折叠视图选项。这将显示任何小于3000 bp序列的标签。如果选择的序列是DNA，则选项卡将标记为DNA Fold，如果是RNA，则将标记为RNA Fold。

2、折叠预测由Vienna package RNAfold工具执行。

使用“查看选项”，可以打开/打开和着色基础，翻转坐标，突出显示序列的开始（蓝色）和结束（红色）并旋转模型。与其他查看器一样，您可以放大模型并拖动视图，或者使用与序列查看器相同的键盘修改器使用滚轮。选择在序列视图和折叠视图之间同步。此外，在拆分视图模式下，折叠查看器在放大时将滚动到所选区域。默认情况下，将使用“按概率颜色”，其中红色碱基是碱基在配对区域中彼此配对或在未配对区域中不配对的可能性最大的碱基。绿色是中间点，蓝色是最低的概率。仅当使用分区功能时，才可以按概率进行颜色设置。更改它们的设置时，“计算选项”将重新运行RNAfold，因此，根据序列的大小，可能会有明显的重新计算时间。

二、3D蛋白质结构查看器

对于分子结构文档，例如PDB文档，这将显示该结构的交互式三维视图。

1、结构视图操纵

单击并拖动鼠标以旋转结构。

按住Alt或Shift键，然后单击并拖动以放大/缩小

按住Ctrl键，然后右键单击并拖动以进行平移；如果使用Mac，请按住并按住Ctrl键和Alt / Option，然后拖动以进行平移。

2、选择控件

结构右侧是控件，可让您控制结构的选定部分。

如果您正在查看的结构包含多个模型，则可以在模型组合框中进行选择。

选择按钮使您可以选择结构的全部，无选择或未选择的区域，以及按元素，组类型或辅助结构选择。

突出显示选中的复选框可让您选择是否在结构视图中突出显示选定的原子。

结构树以树格式显示结构中的原子。单击树中的区域以选择那些区域。您也可以按住Shift键和Ctrl键单击一次以选择多个区域。

该命令框使您可以键入任意的jmol脚本命令。要查看一些示例，请在框的下拉菜单中选择一个预先填充的选项。

3、显示菜单

查看器顶部是显示菜单。您可以在此处修改结构的外观。

“重置”使您可以重置结构的位置，将结构的外观重置为默认外观，或者将结构的外观重置为其上次保存时的外观。

颜色使您可以更改原子所选区域的配色方案。

样式可让您将分子所选区域的样式更改为例如空格或卡通视图。

原子使您可以隐藏原子或更改分子在选定区域中的大小。您还可以选择是否显示氢原子和原子符号。

键使您可以隐藏键或在分子的选定区域中更改键的大小。共价键/离子键，氢键和二硫键可分别受影响。

“效果”使您可以切换整个分子的自旋，抗锯齿，立体和平板效果。

保存可保存分子的当前外观。

三、查看，编辑和提取注释

1、注释用于描述和可视化序列和比对中的特征，例如编码区域，限制位点和重复元件。 注释可以直接在序列查看器中的序列上注释，也可以在逻辑上分为轨道。 轨道是一个或多个注释类型的集合。 轨道垂直堆叠在所讨论的序列下方，每个轨道及其注释都有单独的一行。

2、批注可能具有一个或多个与之关联的属性或限定符。 这些可以在创建注释时添加，也可以在以后通过编辑注释添加。 要查看给定注释的属性，请将鼠标放在序列查看器中。 这将显示一个工具提示，列出该批注的名称，类型，长度，间隔和顺序以及任何其他限定符，通过将鼠标悬停在注释上来显示注释属性和限定符

四、填充注释

Geneious Prime具有许多为序列添加注释的功能。 它们可以手动添加，从外部来源导入，从其他序列转移或作为结构或基因预测步骤的一部分添加。